در اواخر سال ۱۳۶۲ به دلیل فعالیت های سیاسی و پس از ماهها زندگی مخفی و تحت تعقیب، مجبور به خروج از ایران شد و پس از گذراندن چندین ماه در پاکستان و ترکیه، به عنوان پناهنده سیاسی در آلمان اقامت گزید در سال ۱۹۹۷، در یکی از اولین جلسات عمومی مربوط به وضعیت همجنسگرایان در جامعه ایرانی خارج از کشور با عنوان «همجنسگرایی و برخورد ایرانیان با آن»، سخنرانی کرد و به این ترتیب، فعالیت‌های خود در حوزه حقوق همجنسگرایان در جامعه ایرانی را به صورت علنی آغاز کرد. وی هم اکنون به عنوان یکی از هماهنگ کننده‌های ۶ رنگ (شبکه لزبین‌ها و ترنسجندرهای ایرانی) و همینطور یکی از مدیران سازمان عدالت برای ایران فعالیت می‌کند. ایشان محقق اصلی پروژه تحقیقاتی «جنایت بی عقوبت» بوده است. این تحقیق، به شکنجه و خشونت جنسی علیه زندانیان سیاسی و عقیدتی زن در طول سه دهه ۶۰، ۷۰ و ۸۰ شمسی در ایران می‌پردازد. حاصل این تحقیق، دو جلد کتاب «جنایت بی عقوبت» به زبان فارسی و کتاب "Crime and Impunity" به زبان انگلیسی است. شادی امین در سال ۱۳۹۰، انجام پروژه تحقیقاتی را با عنوان «نه به تغییر جنسیت اجباری» را با سازمان عدالت برای ایران آغاز کرد. هدف این تحقیق که نتایج آن قرار است در سال ۱۳۹۳ ارائه شود، بررسی موارد نقض حقوق همجنسگرایان و ترنسجندرها در عمل‌های تغییر جنسیت در ایران است.

شادی امین چندین فیلم مستند ساخته‌ که از جمله مرغان مینا سکوت نمی‌کنند، شبهای بی‌نهایت زنان زندانی، اپوزیسیون تبعیدی و کنفرانس برلین، کنفرانس پکن و زنان تبعیدی و لحظه‌های آخررا می توان نام برد. وی علاوه برانتشار مقالات متعدد در نشریات چاپی و وبگاه‌های اینترنتی ، گزیده‌ای از آثار آدریان ریچ و اودری لرد، دو فمینیست لزبین معروف آمریکایی را در کتابی با عنوان "قدرت و لذت" ترجمه و منتشر کرده است.